El pasado 6 de Junio 2014, se presentó en el auditorio del Centro de Investigaciones en Computación (CIC) del Instituto Tecnológico de Costa Rica (TEC) la tesis titulada: Diseño de una Herramienta Bioinformática para la Asistencia en el Ensamblaje Sintético de la Bacteria E. Coli en la Producción de Biocombustibles, desarrollada por Laura Vásquez (egresada de la carrera Ingeniería en Computación del TEC y actualmente laborando para Intel), como proyecto de graduación para el Máster en Computación, con énfasis en Ciencias de la Computación del TEC. El área de trabajo fue la Biología Sintética, disciplina que diseña y construye nuevos sistemas biológicos, y en donde es posible el mejoramiento de organismos existentes para procesar por ejemplo desechos orgánicos que tradicionalmente no se utilizan en el dominio de los biocombustibles, tales como el suero de la leche. El trabajo tuvo como objetivo el diseño de una herramienta Bioinformática que permitiera la transformación de rutas metabólicas en estructuras de datos computacionales y el desarrollo de algoritmos de búsqueda que establecieran rutas relevantes entre compuestos relativos a la producción de biocombustibles. Como resultado, se creó un catálogo de componentes genéticos, o biobricks, encontrados a partir del análisis de un subconjunto de rutas en particular, para el ensamblaje sintético en la bacteria E. Coli. Finalmente, se visualizaron las nuevas construcciones con el fin de mostrar, gestionar y soportar el proceso de análisis, lo cual asistirá a los profesionales del área que llevan a cabo este tipo trabajo en los ensamblajes genómicos sintéticos en biocombustibles. El trabajo fue desarrollado en colaboración con el Biotecnólogo Ricardo Alvarado del Laboratorio Nacional de Nanotecnología (LANOTEC) del Centro Nacional de Alta Tecnología (CENAT). Finalmente, su Director de tesis el Profesor Allan Orozco de la Escuela de Medicina de la Universidad de Costa Rica y fundador del Máster de Bioinformática y Biología de Sistemas (UCR), comenta que el trabajo tuvo una duración aproximada de 1 año y tiene una situación muy particular ya que representa la primera tesis con grado de postgrado desarrollada en Biología Sintética en el país y región centroamericana, y con el valor sumado que recibió honores de la misma universidad tecnológica por la profundidad y excelencia abarcada en el tema.
