Microarreglos de ADN y Bioinformática NGS
Módulo I:
Microarreglos de ADN
Módulo II:
Metagenómica y análisis bioinformático de datos de NGS
17 al 29 de Mayo de 2015
La Paz, BCS, México
INFORMACIÓN GENERAL
En un esfuerzo por dar continuidad a los Talleres de Microarreglos que se han organizado en colaboración con la Unidad de Microarreglos del Instituto de Fisiología de la UNAM y el Instituto de Biotecnología de la UANL, tanto en la Ciudad de Monterrey (2007, 2009 y 2011) como en La Paz (2010 y 2012), en esta ocasión el CIBNOR, a través de los Laboratorios de Genómica y Bioinformática, serán sede de este nuevo evento 2015. Con la misma filosofía, se han programado sesiones prácticas de las diversas etapas de un experimento de expresión génica; desde la preparación de la muestra hasta el análisis primario de datos, obtenidos en un experimento de hibridación de un microarreglo. Los aspectos teóricos serán abordados en sesiones diarias en donde se contemplan además casos de estudio.
En esta ocasión, el taller se complementa con un módulo de Bioinformática para análisis de datos de NGS provenientes de plataformas de secuenciación de nueva generación (NGS) y Metagenómica, a cargo de profesores del Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) y la Universidad Estatal de Iowa (EUA).
Se dará prioridad a participantes interesados en tomar ambos módulos, aunque también es posible optar por tomar solo uno.
Organizadores: CIBNOR- CONACYT, EMBL- EBI (European Bioinformatics Institute), Universidad Autónoma de Nuevo León, Universidad Autónoma de Mexico (UNAM), Universidad de Costa Rica (UCR) y Red Centroamericana de Bioinformática (sede central: Costa Rica).
DIRIGIDO A:
Dirigido a estudiantes de posgrado e investigadores:
Interesados en expresión génica global usando la tecnología de chips de ADN y otras aplicaciones de esta tecnología.
Involucrados en proyectos que demanden plataformas de secuenciación NGS para diversas aplicaciones.
Interesados en estudios de genómica funcional de a nivel de nichos ecológicos usando aproximaciones de metagenómica.
PERFIL DE LOS PARTICIPANTES:
Se requiere que los participantes tengan conocimientos fundamentales de biología molecular, bioinformática, y de ser posible, nociones de Unix/ R, aunque esto ultimo no es requisito ya que habrá una sesión introductoria sobre este tema.
SEDE:
Módulo I – Laboratorio de Genómica, edificio J, CIBNOR
Módulo II – Aula de cómputo de Posgrado del CIBNOR
IDIOMA:
Módulo I – Español
Módulo II – Ingles
CUPO MÃXIMO:
Módulo I – 15 participantes
Módulo II – 25 participantes
El número restringido de participantes permitirá una amplia oportunidad de interacción entre los participantes y los ponentes invitados.
SEGURO DE SALUD:
Se sugiere comprar en cada país la respectiva póliza, ya que el comité organizador no se hace responsable en caso de eventualidades.
PROGRAMA
Modulo I – Microarreglos de ADN
Día 1
Diseño y fabricación de microarreglos
Bibliotecas genómicas
Diseño de microarreglos
Impresión de laminillas
Día 2
Marcado y cuantificación de sondas
Aplicaciones de la tecnología de microarreglos
Diseños experimentales
RNA total: cantidad y calidad
Síntesis de cDNA e incorporación de fluoróforos
Purificación de sondas
Cuantificación de sondas
Día 3
Hibridización de microarreglos
Rehidratación de microarreglos
Fijado de DNA a la laminilla
Preparación de sondas
Hibridización de microarreglos
Lavado y secado de laminillas
Día 4
Lectura de microarreglos
Lectores para microarreglos
Obtención de imágenes de microarreglos
Día 5
Discusión general
Análisis bioinformático
Modulo II – Metagenomics and NGS data analysis
Day 1
Introduction to Unix/R
Lecture: Next generation sequencing overview
Lecture & Practical: NGS quality control
Lecture: Introduction to ChIP-seq
Practical session: ChIP-seq analysis
Day 2
Lecture: Introduction to RNA-seq
Practical Session: RNA-seq analysis – alignment
Practical Session: RNA-seq – Transcriptome assembly
Practical Session: RNA-seq analysis – Differential expression analysis
Day 3
All day excursion to Espiritu Santo Island (Included)
Day 4
Introduction to cloud computing
Lecture: Sequencing alignment and homology
Practical Session: Running command-line BLAST
Practical Session: Short Read Quality Control
Day 5
Lecture: Metagenomic Assembly
Practical: A complete de novo assembly and annotation protocol for mRNASeq
Estimating gene abundances with read mapping
Profesores del Modulo I: Taller de Microarreglos de ADN
Dr. Jorge Ramírez Salcedo (Unidad de Microarreglos IFC-UNAM)
Dra. Cristina Escobedo Fregoso (CIBNOR-La Paz)
M.C. Carolina Garciglia Mercado
Profesores del Modulo II: de Metagenomics and NGS data analysis
Coordinator Dr. Gabriella Rustici. EMBL-EBI United Kingdom
Gabriella Rustici is the Research and Training Coordinator in the Functional Genomics group at the European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) in Cambridge, UK. She earned her PhD in Genetics from Cambridge University in 2004, working on transcription profiling of the fission yeast cell cycle, and since joining the EMBL-EBI in 2007, she has focused on training and educating the life science community to use bioinformatics resources for the analysis and interpretation of high-throughput data.
Dr. Remco Loos . EMBL-EBI
Computational biologist, specialist in next-generation sequencing, member of BLUEPRINT and IHEC consortia. Research in genomics and epigenetics, with a focus on embryonic stem cells, reprogramming and early development. Background in computer science and industrial R&D.
Dr. Adina Howe
Assistan Professor. Iowa State University Resarch interest: Genomics and environmental research in microbial systems
Boris Gerle.
Trainig group at EMBL-EBI. United Kingdom.
Dr. Allan Orozco.
Biomedical Sciences Program, Master of Science in Bioinformatics and System Biology. PROSIC- University of Costa Rica. Director of the Bioinformatics Central American Network.
Poster del evento:
http://intranet.cibnor.mx/anuncios/microarreglos2015/poster.jpg
